À frente da Secretaria de Estado de Saúde, Felipe Peixoto criou uma corregedoria independente que em menos de um ano analisou mais de 135 processos administrativos com vista à apuração de irregularidades. Entre elas, está o descarte irregular de material médico hospitalar promovido no âmbito da Central Geral de Armazenamento (CGA), em Niterói, trazendo a público o escândalo das 700 toneladas de medicamentos e insumos vencidos entre 2011 e 2013 e incinerados entre junho de 2014 e março de 2015.
A sindicância foi aberta após Felipe receber um e-mail de um vigilante relatando que com a mudança de gestão na pasta houve uma grande correria para maquiar irregularidades. Ao ter conhecimento desse e-mail, em 14/05/2015, Felipe prontamente determinou que o corregedor geral de Saúde investigasse o caso. A ação resultou na suspensão do direito do consórcio LOGRio de participar de licitações e contratar com a administração pública por um ano, além da apropriação de créditos no valor de R$ 3.934.027,91 (três milhões, novecentos e trinta e quatro mil e vinte e sete reais e noventa e um centavos) e aplicação de multa no valor de 2% do valor do contrato correspondente a R$ 565.000,00 (quinhentos e sessenta e cinco mil reais).
Outros processos foram abertos para apurar eventuais irregularidades no setor de farmácia do Hospital Estadual Rocha Faria, agindo de forma efetiva para evitar o desperdício de materiais e medicamentos; e no Hospital Estadual Alberto Torres, diante da suspeita de desvios de materiais e medicamentos.
